« Alex, un lion adulé du public, vit avec ses amis Marty le zèbre, Melman la giraffe et Gloria l'hippopotame dans un zoo au centre de Manhattan. Choyés et dorlotés, les quatre animaux n'ont pas à se plaindre de leur captivité. Seulement voilà, Marty, poussé par son désir d'aventures, décide de s'évader avec l'aide de quelques pingouins pour découvrir le monde. Il est alors rejoint par ses trois compagnons, qui plus raisonnables, tentent de le ramener au zoo. Mais tous les quatre sont très vite repris et envoyés en Afrique par bateau. Les pingouins, embarqués sur le même bateau, sabotent alors le navire et les quatre compères sont projetés à l'eau. Ils échouent miraculeusement sur l'île de Madagascar. Commence alors pour les quatre citadins l'apprentissage de la vie sauvage... »